令和3年（2021年）4月1日以降に開始される試験から、小型船舶操縦士実技試験の実施方法と、学科試験問題の内容が変更となる。
国土交通大臣からの指定を受け、小型船舶操縦士国家試験を実施している、一般財団法人 日本海洋レジャー安全・振興協会（JMRA）からの発表は、以下のとおり。
（1）実技試験実施方法の変更
発航前点検の出題区分が小型船舶用法定備品の区分と異なっていたことから、これを統一し、より確実に、より安全に、より実際に即した内容にするとともに、より教育内容を向上させるため、次の項目について所要の変更を行います。
①発航前の点検
②機関運転
③避航操船
（2）学科試験問題の内容変更
国土交通省が定める「小型船舶の航行の安全に関する教則」の改正に伴い、学科試験問題の内容を変更します。
日本海洋レジャー安全・振興協会
水上バイクの操縦に必要な特殊小型船舶操縦士の身体・実技試験の主な実施方法変更点をまとめてみた。
| 変更前 | 令和3年4月1日以降 | |
| 身体検査の色覚について | 色覚補正メガネの使用可 | |
| 発航前の点検箇所の呼称変更 | 法定備品・書類 係留ロープ |
法定備品・法定書類 係船ロープ |
| 発航前の点検箇所の追加 | 船舶検査済票及び船舶番号 |
特殊小型だけでなく、1級・2級・2級（湖川）の実技試験実施方法も変更されているので、これから試験を受けるひとだけでなく、すでに免許を持っているひともさらなる安全のため、改めて内容を確認してほしい。
また、学科試験の内容に関わる「小型船舶の航行の安全に関する教則」の改正点は、以下のリンクで確認を。